EAÜ kõrgeimaks juhtimisorganiks on liikmete üldkoosolek. Korralised üldkoosolekud toimuvad vähemalt kord aastas. Üldkoosolek valib 3 aastaks juhatuse.
EAÜ üldkoosoleku 10.03.2008 aasta otsuse järgi kuuluvad EAÜ juhatusse järgmised isikud:
* Mikk Targo - juhatuse esimees
* Eero Johannes
* Kadri Hunt
* Olav Ehala
* Mario Kivistik
* Helena Tulve
* Tõnis Kaumann
EAÜ revisjonikomisjoni:
* Tajo Kadajas - revisjonikomisjoni esimees
* Margo Kõlar
* Toivo Tulev
EAÜ tegevuse vahetuks elluviijaks on EAÜ Büroo, mida juhib tegevdirektor Kalev Rattus.
